Ο Σύλλογος Μερίμνης Ανηλίκων ιδρύθηκε το 1924 με πρώτη επωνυμία «Προστασία κρατουμένων γυναικών και ανηλίκων». Την πρωτοβουλία για την ίδρυσή του αλλά και για τον ξενώνα φιλοξενίας, ένα χρόνο αργότερα, είχε το Εθνικό Συμβούλιο Ελληνίδων. Πρώτος κύριος δωρητής ήταν ο Εμμανουήλ Μπενάκης. Ο φορέας αυτός διατήρησε το συγκεκριμένο αντικείμενο και τον αρχικό τίτλο έως το 1972, οπότε μετονομάστηκε σε «Σύλλογος Μερίμνης Ανηλίκων και Νέων» ενώ το έργο του επικεντρώθηκε στην προστασία των ανηλίκων σύμφωνα και με την απόφαση 1986/25.04.1972 του Πρωτοδικείου Αθηνών. Το 2003 οι σκοποί και οι δράσεις της «Εταιρίας Προστασίας Ανηλίκων Αθηνών» ενσωματώθηκαν σε αυτές του «Συλλόγου Μερίμνης Ανηλίκων και Νέων».

Ο ΣΜΑΝ για την πραγματοποίηση των σκοπών του λειτουργεί αδιάκοπα από το 1925 ξενώνα φιλοξενίας, τον Σταθμό Εφήβων, που από το 1980 βρίσκεται σε ιδιόκτητο κτήριο στα Εξάρχεια. Από τον Ιούνιο του 2017 έως και σήμερα, η λειτουργία του Σταθμού Εφήβων χρηματοδοτείται από το Εθνικό Πρόγραμμα Ταμείου Ασύλου Μετανάστευσης και Ένταξης με συγχρηματοδότηση από το Ευρωπαϊκό Ταμείο Ασύλου Μετανάστευσης και Ένταξης.

Το 2015, ο ΣΜΑΝ ίδρυσε το Κέντρο Νεότητας για τους Πρόσφυγες, σε συνέχεια της διεύρυνσης των δράσεων του για την αποκατάσταση και ομαλή κοινωνική και επαγγελματική ένταξη των παιδιών που ήδη φιλοξενεί που λειτούργησε μέχρι το 2020. Το 2020 ο ΣΜΑΝ, παράλληλα με τις συνήθεις δράσεις του, εγκαινίασε ένα νέο έργο, το Εργαστήρι Αυτόνομης Διαβίωσης | Autonomous Citizens Lab για να υποστηρίξει τους νέους με το ίδιο προφίλ κοντά στην ηλικία της ενηλικίωσης. Το «Εργαστήρι Αυτόνομης Διαβίωσης» υλοποιήθηκε στο πλαίσιο του προγράμματος Active citizens fund, με φορέα υλοποίησης τον ΣΜΑΝ, Σύλλογο Μερίμνης Ανηλίκων και Νέων. Τη διαχείριση της επιχορήγησης του προγράμματος Active citizens fund για την Ελλάδα είχαν αναλάβει από κοινού το Ίδρυμα Μποδοσάκη και το Solidarity Now.

Το 2015 επίσης, ο ΣΜΑΝ διεύρυνε το πεδίο των δράσεων του με το Εργαστήρι Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, ένα δημιουργικό εργαστήριο ενδυνάμωσης και εκπαίδευσης των παιδιών του ΣΜΑΝ στις δημοκρατικές αξίες και στα ανθρώπινα δικαιώματα. Το έργο αυτό χρηματοδοτήθηκε από την Ισλανδία, το Λίχτενσταιν και τη Νορβηγία στο πλαίσιο του Προγράμματος «Είμαστε όλοι Πολίτες» το οποίο ήταν μέρος του συνολικού Χρηματοδοτικού Μηχανισμού του ΕΟΧ για την Ελλάδα, γνωστού ως EEA Grants. Διαχειριστής επιχορήγησης ήταν το Ίδρυμα Μποδοσάκη.

Το 2020 ο ΣΜΑΝ ίδρυσε ακόμα μια δομή φιλοξενίας για μικρότερα παιδιά και για ανήλικες μητέρες με τα μωρά τους, το HOUSE2. Το HOUSE2 χρηματοδοτήθηκε για την ίδρυση και την λειτουργία του έως το 2023 από τα EEA Grants μέσω του προγράμματος II «Άσυλο και μετανάστευση (Αντιμετώπιση επείγουσων αναγκών για την υποδοχή και την αξιολόγηση των αιτούντων άσυλο και για τη στέγαση ευάλωτων ομάδων)», χρηματοδότηση που διαχειρίζεται η ΣΟΛ Crowe και η Human Rights 360.

Από το 2023 και οι δυο δομές του ΣΜΑΝ χρηματοδοτούνται από το Υπουργείο Μετανάστευσης & Ασύλου με την δράση «Επιχορήγηση Φορέων Για Τη Λειτουργία Κέντρων Φιλοξενίας Ασυνόδευτων Ανηλίκων (ΚΦΑΑ)», η οποία συγχρηματοδοτείται από την Ευρωπαϊκή Ένωση μέσω του Ταμείου Ασύλου, Μετανάστευσης & Ένταξης 2021-2027 -ΤΑΜΕΥ.

Το 2023-24 ο ΣΜΑΝ έλαβε οργανωσιακή επιχορήγηση για τη στρατηγική ανάπτυξη των οργανώσεων της Κοινωνίας των Πολιτών από το Active citizens fund. Τη διαχείριση της επιχορήγησης του προγράμματος Active citizens fund για την Ελλάδα έχουν αναλάβει από κοινού το Ίδρυμα Μποδοσάκη και το Solidarity Now. Η επιχορήγηση αφορούσε το στρατηγικό πλάνο του ΣΜΑΝ ενόψει της συμπλήρωσης των 100 ετών, το οποίο είχε ως επίκεντρο τους ανθρώπους του ΣΜΑΝ: «Οι Άνθρωποι του ΣΜΑΝ είναι όλα τα παιδιά που φροντίζουμε, και όλοι αυτοί που τα φροντίζουν. Οι Άνθρωποι του ΣΜΑΝ είναι οι εργαζόμενοι, οι εθελοντές και οι υποστηρικτές του έργου μας, είναι ο κύκλος φροντίδας που κλείνει 100 χρόνια.»